Na analogia que diz que o DNA é a planta arquitetônica da vida, as proteínas são os tijolos que a constroem. A proteômica é a disciplina que identifica e quantifica as proteínas presentes em um organismo, e constitui uma ferramenta muito poderosa na comparação de diferentes estados de um sistema biológico como, por exemplo, células normais com doentes; resistentes com susceptíveis; e trato positivo com normal.
A plataforma Proteômica do iii-INCT, sediada na Unesp-Rio Claro, sob coordenação do pesquisador Mario Sergio Palma, se utiliza de tecnologia de ponta em bioquímica e físico-química de proteínas, espectrometria de massas e bioinformática para separar e identificar as funções moleculares e celulares de um grande número de proteínas.
A plataforma tem atuação principal na pesquisa fundamental e atua também na formação de pessoas para que os estudos de proteômica sejam introduzidos nas pesquisas desenvolvidas no iii-INCT.