Unidade importante na infraestrutura de pesquisa em Imunologia, o Laboratório de Imunologia é uma unidade multiusuário com diversas plataformas que servem aos pesquisadores da Disciplina de Imunologia Clínica e Alergia e demais colaboradores, ao Serviço de Transplantes do Hospital das Clínicas da FMUSP e ao InCor. Essas plataformas oferecem assistência especializada por especialistas experientes que permitem efetuar a síntese de peptídeos, a espectrometria de massa, a biologia molecular e o sequenciamento, a bioquímica, a cultura bacteriana, a microscopia automatizada, a química de proteínas, a cultura celular e a citometria de fluxo. Também tem um biotério de experimentação animal associado.