Doenças autoimunes são causadas quando há o reconhecimento pelo sistema imunitário de substâncias do próprio organismo, que ele considera – por engano – como estrangeiras. Essa resposta contra o próprio (auto) ocorre através das respostas celular e humoral. Esta última leva à produção dos autoanticorpos que podem atacar células, tecidos e órgãos saudáveis, provocando inflamação, lesões e, por fim, a doença clínica. Um dos carros-chefes do iii-INCT, essa área temática inclui a continuidade do trabalho no desenvolvimento da vacina contra a doença reumática do coração e imunoterápicos voltados para o tratamento de doenças inflamatórias intestinais como a doença de Crohn, entre outras.