Doenças infecciosas podem ser causadas por uma variedade de agentes: vírus, fungos, parasitas ou bactérias, sendo transmitidas através de água e alimentos; do contato com a água; por ferimentos de animais; insetos e carrapatos; ou ainda pelas vias respiratória ou sexual.

O iii-INCT tem como um de seus objetivos principais estudar a patologia na busca de tratamentos eficazes para as doenças infecciosas com grande incidência no Brasil, incluindo o desenvolvimento de vacinas inovadoras. As linhas de pesquisa incluem estudos na doença de Chagas, nas leishmanioses, na dengue e em outras arboviroses (chikungunya e zika), na AIDS e, mais recentemente. na Covid-19.